Penerapan Good Corporate Governance (GCG) PT Perkebunan Nusantara III mengacu kepada Peraturan Menteri Negara Badan Usaha Milik Negara Nomor : PER-01/MBU/2011 Tentang "Penerapan Tata Kelola Perusahaan Yang Baik (Good Corporate Governance) Pada Badan Usaha Milik Negara". Pada tahun 2013 penerapan GCG PTPN III di assessment oleh BPKP Perwakilan Propinsi Sumatera Utara, dan pada tahun 2014 dievaluasi secara self assessment oleh Tim Internal PTPN III, meliputi 6 aspek governance dan 153 parameter.

Aspek GCG :
1. Code of Corporate Governance
2. Board Manual
3. Piagam Pengawasan Intern
4. Piagam Pemantau Risiko
5. Piagam Komite Audit
6. Pedoman Pengendalian Gratifikasi
7. Code Of Conduct